基因芯片數(shù)據(jù)量已經(jīng)超過客戶分析范圍，均需要借助一些專業(yè)軟件來進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。如何能夠挖掘大數(shù)據(jù)量？獲得更優(yōu)質(zhì)的數(shù)據(jù)分析結(jié)果呢？我們建立專題來進(jìn)行討論。

生物數(shù)據(jù)分析相關(guān)軟件大全

測序??峰圖轉(zhuǎn)化  Phred/Phd2Fasta ；載體屏蔽  cross_match 36；序列聚類拼接；引物設(shè)計(jì) Primer3

序列的比對

全局比對 ??Clustalw ；MUSCLE ；HMMER

局部比對 ??Blast ；blat ；blastz ；GeneWise ；Fasta ；Exonerate ；Sim4

重復(fù)序列分析??RepeatMasker；Trf ；LTR_STRUC

RNA分析 ??Glimmer ；GlimmerM ； Genscan ；TwinScan ； BGF ；Fgenesh ； InterproScan ； WEGO

SNP分析 ??Polyphred ；SNPdetector ；cross_match

進(jìn)化分析專題??Phylip ；Paml ；KaKs_Calculator ； FGF ；mega

基因表達(dá)分析專題 ??EST(Expressed  Sequence  Tag)表達(dá)序列標(biāo)簽分析； EST分析流程；EST  Pipeline(BEP)

生物芯片(Microarray)分析??Motif預(yù)測 ；MEME/MAST系統(tǒng)； MDScan

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測??Threading方法

生物學(xué)相關(guān)網(wǎng)址

功能基因組分析

Transcription profiling  technologies??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html

Protocols for cDNA array technology  ??http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html

Data management and analysis of gene expression arrays??http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML

GeneFilters^TM(Research Genetics)??http://www.resgen.com

Gene Discovery Arrays (Genome Systems)??http://www.genomesystems.com

Atlas^TM Arrays (CLONTECH)??http://www.clontech.com 

BioEdit ??http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Primer3（PCR引物設(shè)計(jì)）??http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

Putative DNA Sequencing Errors Check??http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/

多種數(shù)據(jù)庫、分析工具和生物信息學(xué)機(jī)構(gòu)??http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools

多種數(shù)據(jù)庫和分析工具??http://www.ebi.ac.uk/Tools/

Comparative sequence analysis??http://www.bork.embl-heidelberg.de/